在王凤仪的思想脉络中,最重要的部分之一是他个人阐发的阴阳五行观,据《王凤仪年谱》中记载,记录中王凤仪最早开始阐述五行观时是在1901年,也就是他三十八岁的时候,「 我同屠全贞国华到锦州去讲善书,途中遇着唱秧歌的,他们要看看。看了一气,我问他们道,你们看出道来没有?这正是通古达今的道啊,当着没上装之前,一点动作也没有,这叫作无极。上装了,有男有女,这就是太极。等着阴阳分开了,锣鼓也响了,作乐的人又占一部分,这就是三界。入场时先跑一个圆圈,这是先天一气。跑一会再分四面斗,八面风, 再跑一个五行,最后再跑一个大圆圈,还归先天了。跑的时候,三公子是个领头的,大家正跑时,他倒走,看看女的不会,他教给她,看看老生老旦不会,他也教给他,这好像家庭里的当家的似的。所以无论一个家族或一个团体,为首领的人,须要达透全体啊。」在这段话中他分别提到了「无极」、「太极」、「阴阳」、「五行」、「三界」,在这里记载中并没有详细说明「五行」是什么。到了第二年正月,因为守墓百天,王凤仪体验到了冥契经验,「我同白勤赴六家子宣讲堂,晚间回来时,有个像月亮似的东西,在前面引着我走,到草芦时忽然不见了。我的族弟宝元怕我冷,去给我烧炕,因为没有火就没烧,他就在我的屋里睡去,我没回来时,他觉得很冷,我回来他就觉得暖和了。他出去对旁人说,我二哥的小屋是神仙洞啊,第二天我的小屋里光明了一夜,诸神诸佛都来了。」同年王凤仪开始讲病,并详细说明了五行的内容,「 我守墓时,五行就推转了。人的一生,也分春夏秋冬四季,守墓时夏季刚了,我不过家,专心静养,一直到冬季了。我的性原为木生水,逆行了,所以得疮痨。明道后,木去生火,哪知走到东南方巽火上去了,非常急燥, 这样过了三四年。以后有个姓曲的老太太,经我把病劝好了,很感激我,送给我一些果子,我就大声的数责她道:“你有这东西送给大伯子,你不是尽悌了吗!”她临走时,我看她沉沉不乐的走了。我才知道我的性燥,还没到真火上,从此,我再向人说话时,我就先说下我的性急啊,说话太直,若有伤着你的地方,可请原谅,以后急火就化了。」在这里他以五行来对应自身的比较凸显的气质,并认为这些气质会引发一些器质性的病变。而通过一系列修养工夫,个人能变化气质,五行所对应的特质也同样发生了转变。
王凤仪自幼因为家贫并未读书,所通晓关于德性的道理也多从宣讲堂(清末国家内忧外患,为了通过教化人心来挽救世道,朝廷与士绅在各地都设有道德宣讲所。)中的善书与四书中来,但是五行与伦常气质的对应很少有人提及说明从何而来。而这个传统如果在中华文化中溯源,却是可以找出相应源头的。这种源头最早将它整合成系统学说的是战国时期的阴阳家邹衍,他认为五行与五种德性相对应,这五种德性从始到终,终而复始的循环运动,他认为每一个朝代都有其相应的五行德性属性,如果自身德性衰微,其天命会被其他德性的属性相克甚至取代。到了汉代,其学说被董仲舒吸收并做了改造,融入了他的新儒家学说中。「在董仲舒看来, 人世社会的各种伦理道德都是天通过阴阳五行的变化、四时的更迭来体现出来的。无论是阴阳五行, 还是四时, 它们都体现着天的意志。」他将五常仁义礼智信对应于五行,进而又将其延伸至各种社会角色的对应上,以此贯通个人角色与社会的关系。即使如此董仲舒理论仍然落实在抽象的社会层面,并没有具体到个人的气质与修养层面。直到三国期间刘劭著《人物志》时才真正将五性与个人气质德性相结合,「聪明者,阴阳之精。阴阳清和,则中睿外明;圣人淳耀,能兼二美,知微知章,自非圣人,莫能两遂。故明白之士,达动之机,而暗於玄机;玄虑之人,识静之原,而困於速捷。犹火日外照,不能内见;金水内映,不能外光。二者之义,盖阴阳之别也。若量其材质,稽诸五物;五物之徵,亦各著於厥体矣。其在体也,木骨、金筋、火气、土肌、水血,五物之象也。五物之实,各有所济。是故,骨植而柔者,谓之弘毅;弘毅也者,仁之质也。气清而朗者,谓之文理;文理也者,礼之本也。体端而实者,谓之贞固;贞固也者,信之基也。筋劲而精者,谓之勇敢;勇敢也者,义之决也。色平而畅者,谓之通微;通微也者,智之原也。五质恒性,故谓之五常矣。五常之别,列为五德。是故,温直而扰毅,木之德也。刚塞而弘毅,金之德也。愿恭而理敬,水之德也。宽栗而柔立,土之德也。简畅而明砭,火之德也。虽体变无穷,犹依乎五质。故其刚、柔、明、畅、贞固之徵,著乎形容,见乎声色,发乎情味,各如其象。」在这里他将心性气质容貌声音与五行结合了起来,因此这大概是最早有人将气质德性做出了相应的对应。虽然不知道这与王凤仪的阴阳五行观有什么渊源,但是能看见他们相隔千年,而仍然相互辉映。