他的自然哲学有阿纳克西曼得的宇宙论陈迹，而最有内在联系的仍是巴门尼德斯的存在论。
一、万物种子
与巴门尼德斯一样，主张「有」或「存在」的恒存性与不变性，但他又否定了「有」的唯一性，采取多元论的立场，立定所谓的「万物种子」，这些万物种子各具形体、色彩、香味等等质的差异。因为从无不能生有，所以在一切之中有一切之每一成分。
二、结合与分离
本来，任何事物都包含着一切存在着的种子，但因人类感觉微弱，只能辨认量上优越的种子，藉此称呼事物是甲或乙。所以事物的生灭只是种子的结合形式有所变化，感官感知到的生灭变化只是假象，这与恩氏的说法一样，不同是阿氏首次提出「睿智」为根源的动力因，理论上超克了恩氏的自然哲学。
三、睿智
一切种子最初混合为无限大的混沌，不变不动，睿智为其动力因。阿氏可以说是希腊哲学史上首先有意识地划分精神与物质的差异的第一位思想家。混沌中的某一小点，经由睿智的作用，形成「回旋运动」，有如水上波纹，渐次广布四方，依照运动的速差，浓者、湿者、冷者、暗者、重者由于运动迟钝，集合在今日所谓地，轻者、热者、干者、明者则飞至遥远之处，形成以太天空。
睿智有三大特点：1．纯然无杂。「一切在一切之中」不包含睿智，睿智作为精神，是独立自存，与物分离，毫不具有任何物性。2.支配。睿智支配万物。3.认识。睿智既是能给予认识以及安排物质宇宙，当以善与美为宇宙目的，促使物质宇宙形成整然有序、调和合理的生成历程。由此看来，睿智涵盖着「目的论」（final cause）的意义。但不能断言阿氏建立了目的论（teleogical）的思想体系。这有三个方面：（1）阿氏没有说明睿智的具体特性，如柏拉图或亚里斯多德将精神分化为理性、气概、情欲等形态或纯化为「主动的理性」，阿氏主张的睿智或精神，极其类似亚里斯多德的植物灵魂或动物灵魂。（2）睿智只是对已存在着的物质混沌状态安排之以特定的秩序而已，不是耶教兼为质料因与动力因的全知全能的上帝。（3）阿氏规定睿智为「万物之中最稀薄者」时，睿智仍具最小限度的形像性质。阿氏没有彻底摆脱抽象概念图像化的思维方式，我们可以说，阿氏仍在唯物论与唯心论、机械论与目的论的十字路口徘徊。但自阿氏起，希腊哲学就发生了一个大转变，由专注于外在的宇宙论时期进入到精神反省的研究时期。阿氏援用睿智说明万物最初的生成运动之后，就将它抛弃，存而不论，而使回旋运动以后的物质宇宙完全失去精神力量干预的迹象。这使得他的整套自然哲学陷于不可调和的二元论难局（唯物论与唯心路两条思维线索同时存在）。
四、世界的形成
如前面所讲，第一阶段，混沌中的某一点，经由睿智的作用，通过回旋运动，稀薄的、热的、明的、干的种子逐渐集中到世界周围而形成火或以太，至于性质与之相反的种子则集中在世界中央而构成空气。第二阶段，云从空气中分离，接着水从云中分离，地从水中分离，岩石从地中分离。我们由此可看出阿纳克西米尼斯对他的思想影响。阿氏所谓的天体，包括日月，皆不外是赤热的巨石。（问题：石头不是重的、冷的么，怎么会上升成为热的天体？）
末学邵明敬上
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