1929年2月，国民政府卫生部召开第一届中央卫生委员会，会上余云岫、褚民谊等人先后提出了四项相关议案，其中包括废止中医之办法，以期达到中医自然消亡之目的。西化派批判中医的核心就在于中医陈旧的、不科学的，而西医是新生的、科学的医学，这一议案遭到了民国中医界的激烈抗议，虽然最终未能通过实施，但这段历史也使得中医开始妥协，在不自觉的过程中，逐渐走入了西方医学所预设的话语系统，开始走上了「科学化」的道路，这一事件史称「废止中医案」。废除中医的起点可追溯至140年前，清末学者俞樾因家人先后染疾去世，所请之中医无法妙手回春，心情悲痛不能自已转而迁怒中医，写出了著名的《废医论》，可谓国人废除中医的鼻祖。《废医论》不外乎在论证三点：其一，古代「巫医同源」，既然巫术可以废除，为何中医不可废除？其二，《黄帝内经》与《神农本草经》乃后人之伪作；其三，诊脉与中药的虚假性。可惜的是，俞樾在《废医论》中的论点，在逻辑与事实上都很难站住脚，很难不被后人当做因家人遭遇不幸而发泄个人情绪的泄愤之作。真正对于中医存亡的威胁，却来自于国人为救亡图存，全面向西方学习的五四运动。中国知识界开始全面批判传统文化，强烈主张全盘西化，引进「德先生」与「赛先生」，展开了奉「科学主义」为圭臬的学术自我殖民。对于传统文化中凡是不能置于科学体系之下进行研究与解释的内容，都简单粗暴的斥之为「封建迷信」，成为被批判和打倒的对象，中医在这种时代的洪流之下，也无可幸免。科学被推上了至高的地位，被等同于客观、理性和真理。

民国十八年国民政府废止中医案晋京请愿代表团 图丨来源于百度

这里面有而个不得不去思考的问题：一、什么是科学？二、科学与非科学该如何划界？五四时期的自由主义知识分子们，深受西方影响，他们所认识的科学是建立在「主/客二元对立」的「实证主义」科学观之上。这种科学观认为人类经由其感官所感知的外在世界，才是真正的「实在」，才是可被理解的，所以他们使用「主/客」对立的认识论，通过实验操控的量化方法来验证假设，获致规律性的知识和客观的真理。对实证论者而言，人类的眼耳鼻舌等感觉器官无法觉知的部分，则被视为不「实在」或不存在，这种狭隘的科学哲学观念，早已被西方所抛弃。随着科学哲学的发展，西方对科学与非科学的划界认识也在不断的变化，「后实证主义」认为科学与非科学的区分在于是否有「可证伪性」；直至费耶阿本德提出「科学无政府主义」，他反对理性主义的科学观，主张消解科学的划界问题，认为唯一不会妨碍进步的原则就是「行得通就行」。一种理论或许不符合实证论或否证论，但该理论如果能够逻辑自洽，自成系统，且实际验证有效，那么它就应该是科学的。从费耶阿本德的科学哲学观来看，中医有着完整自洽的理论，在临床上根据中医理论辩证治疗，且确有疗效，则很难讲中医是不科学的。由此可见，中医常被国人批判不科学，其实只是不符合实证论或否证论的科学观而已。这里面的核心问题在于，中国人深受西方影响，却对于西方文明的菁华「科学哲学」缺乏足够的认识和理解，「唯科学主义者」所理解的科学，只是实证主义或后实证主义的科学观而不自知。

在全面废除中医失败之后，一方面中医为了自我拯救，在强大的西方文化冲击下，不自觉的走上了「科学研究」的道路，希望使用科学的方法来发展中医；另一方面，反对中医的人则提出了「废医验药」的主张，认为中医理论本身是不科学的，而中药某种程度上确有其疗效，应该对中药中的有效化合物使用科学的方法进行研究，明确其药效与作用机制，研发出治疗相应疾病的药物。这里面最为成功者，当属获得诺贝尔医学奖的屠呦呦女士，她从中医古籍里获得灵感，从黄花蒿里提取了一种治疗疟疾的特效化合物：青蒿素。这一发现被很多人认为是中医药科学化的重大成就，诚然笔者不会否认青蒿素在治疗疟疾上挽救了数百万计生命的价值，但青蒿素本身却并不能归属于中医药的范畴。青蒿素本质是一种化学物质，它的使用方法则是依据西方现代医学的病症理论指导，这与中医使用中医理论辩证开方，使用植物、动物或矿物作为药材治疗疾病在基本的理论上有着巨大的差异。更不要说中医通常使用复方，一张药方中有几种或十几种药材，每味药材含有多少种化学物质？不同的药材中的化学物质在高温煎煮下会产生怎样的化学反应？哪些化学物质是有效的？这些化学物质的药理机制如何作用于人体？里面的复杂程度远非现在的医药学可以研究清楚。认为某种化学物质有药效，本质上是一种「还原论」的观点，是希望从微观的理解来获致整体宏观的认识。如果我们抛开「还原论」与「实证论」的观点束缚，回到「整体论」的角度来看，中医从人整体的角度出发，认为疾病的本质是人体的阴阳失衡，通过四诊辨证对证开方，以中药的偏性来纠补达到身心的平衡状态。使用中医理论来指导用药，获得相应的疗效，不正是说明了中医理论更符合费耶阿本德「行得通就行」的科学观吗？在1970年代，日本研究传统「汉方」，即《伤寒论》经方小柴胡汤，发现小柴胡汤对慢性肝炎有良好的治疗效果，开始大量使用小柴胡汤制剂。1994年-1999年因小柴胡汤制剂副作用就导致了188例间质性肺炎，其中22人死亡。之所以会有如此严重的副作用，原因不外乎脱离了中医理论辩证指导的结果，使用西医病名诊断指导中药用药，在肝病临床治疗上不见小柴胡汤方证，却长期服用小柴胡汤，正是违反了中医辨证论治的原则。可见中药的使用绝不能脱离中医理论指导，无论中医或西医，都应该在各自的理论指导下使用药物。

屠呦呦与青蒿素 图丨来源于百度

科技史学家李约瑟曾指出，中国直到15-16世纪的科学发展一直比西方更发达，但这种科学是种「有机体」（organismal science）的科学。在希腊文化里，「有机体」（organismal）就具有「整体」的意思，这是将世界本质作为「有机的整体」形成的本体论，在这种「有机体科学」系统下发展出的中国医学，自然难以与西方「实证论」科学展开对话。任何一种理论都很难脱离其自身的文化思想或哲学传统，但当下的世代已经是中、西方文化相互碰撞与影响，形成理性与知识主导的时代，我们的文化形态也无法回到古代的状态。中医未来的发展方向，也在这个时代下「中西会通」的大议题之中。在这个问题上，笔者更为认同宜兰大学陈复教授的观点：吸收与借鉴西方科学哲学，将「中华思想的本体论」跨越发展至可被视作「西洋哲学的本体论」，阶段性使用「主客对立」的认识论方式，建构理论获取客观知识，进而让中国「天人合一」或「主客合一」的「整体论」医学打开新的篇章。使得张之洞提出的「中学为体，西学为用」，不再只是伦理道德与实用技术这种浅薄的主张，从而真正完成深层意义的「中体西用」。